Existen en su término enterramientos con una antigüedad de unos cuatro mil años en el paraje conocido como San Salvador. También existen restos de la cultura romana y vestigios visigodos datados entre los siglos V y VII.
El origen núcleo de población se remonta a la época de las repoblaciones cristianas efectuadas por colonos, gallegos y leoneses o con el posterior periodo castellano. La tradición atribuye al origen de la población a la instauración de una venta próxima a una morera que le dio el nombre actual.

Este humilde núcleo pasó a depender de Aracena, y como tal estuvo unido a su suerte.

Puerto Moral se emancipó en 1817 otorgándosele el título de villa por el monarca Fernando VII.

El lento retroceso demográfico que sufrió esta población durante la primera mitad del siglo actual se frenó en la década de los sesenta gracias al impacto provocado por la construcción del embalse de Aracena, a 5 kilómetros de la población, ya que el empleo que promovieron estas obras permitió el crecimiento demográfico de uno de los municipios más pequeños de la provincia, justamente en la década en la que la sangria demográfica sacudió mas duramente a las áreas rurales serranas.