El origen de la población parece remontarse al Neolítico, época de la que proceden numerosos utensilios de piedra encontrados en el término, y que ya se presentaba como demográficamente importante. En el Calcolitico, hacia el 2500 a. C., se constata la presencia de numerosos poblados en estas tierras: Corteganilla-Hallemans, con numerosos enterramientos en cistas; Alto de la Caba, en el extremo suroeste del término; Cerro del Cojo, al que se superpondrá una fundición en el siglo XVII, y Santa Bárbara, al suroeste del núcleo principal; y Sierra de Papatortas, al norte del municipio.

En época musulmana, Cortegana era cabecera de una de las comarcas de Sevilla. En 1253 el repartimiento de Alfonso X la adjudica al alfoz o término de Sevilla y le otorga entonces el título de villa.

En el siglo XVII, los enfrentamientos con Portugal, que acabarán con la independencia de este reino, obligan al continuo alojamiento de tropas en Cortegana, cuyo castillo se situaba en la segunda línea defensiva contra el país vecino.