Existe constancia de este poblamiento desde el Paleolítico. Pero no existen referencias bien documentadas de los periodos romanos y musulmán. Fue conquistada por las ordenes militares portuguesas en la primera mitad del siglo XVIII, para pasar enseguida a la dominación de la Orden de Santiago, dependiendo de Almonaster la Real.

Como otras poblaciones de la Sierra, en 1691 Jabuco se independiza como municipio, en un momento en que experimenta un importante crecimiento demográfico que se traduce también en la reedificación de la iglesia parroquial.Su gran desarrollo económico se impulsará a finales del siglo XIX con la construcción del ferrocarril Huelva-Zafra. Éste permitió la implantación de una serie de actividades fabriles ligadas a las industrias cárnicas, de producción eléctrica, aserraderos, etc.

El municipio sufrió sin embargo desde 1940 una terrible sangria demográfica, ligada a la perdida de competitividad de estas industrias y a la crisis del mundo rural. Sin embargo, desde 1980 se observa una lenta pero sostenida recuperación basada en la ampliación del sector carnico, ya que numerosos mataderos y fábricas de embutidos se han establecido en el municipio para capitalizar la imagen de marca que tienen los productos con el marchamo de “Jabugo”. Estas industrias y los servicios de restauración resultantes son sus principales actividades económicas.